Programas de maestrías y especializaciones, reconocimiento de créditos y estudios, movilidad de docentes, investigadores y estudiantes, intercambio de información científica e impulso de proyectos de investigación conjunta son los objetivos de ambas instituciones.
Susana Cordero, rectora de la UO, señaló la importancia de estrechar relaciones académicas con una institución de gran prestigio científico a nivel nacional e internacional, como el IAEN, presidido por su rector Arturo Villavicencio Vivar, ex presidente del Consejo Nacional de Evaluación y Acreditación, CONEA. Cordero destacó que la Universidad de Otavalo busca mejorar la calidad académica de su sistema educativo, por lo que es fundamental el convenio para coordinar la ejecución conjunta de programas de maestrías y especializaciones en áreas de interés común. Además, se busca establecer acuerdos específicos para el reconocimiento de créditos y estudios en el marco de las disposiciones del art. 132 de la Ley de Educación Superior y definir mecanismos que propicien la movilidad docente, estudiantil y de investigadores entre ambas instituciones.