Según el Consejo de Evaluación, Acreditación y Aseguramiento de la Calidad de la Educación Superior (CEAACES), están en la categoría “D”, en proceso de acreditación, las siguientes instituciones de educación superior:

• Universidad Agraria del Ecuador
• Universidad de Guayaquil
• Universidad Estatal del Sur de Manabí
• Universidad Laica Eloy Alfaro de Manabí
• Universidad Técnica de Machala
• Universidad Técnica Luis Vargas Torres de Esmeraldas
• Universidad Católica de Cuenca
•Universidad de Otavalo

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