El Art. 354 de la Constitución vigente en el Ecuador, establece que el Estado reconocerá a las universidades y escuelas politécnicas autonomía académica, administrativa, financiera y orgánica, acorde con los objetivos del régimen de desarrollo y los principios establecidos en la Constitución.
Se reconoce , agrega, a las universidades y escuelas politécnicas el derecho a la autonomía ejercida y comprendida de manera solidaria y responsable. Dicha autonomía garantiza el ejercicio de la libertad académica y el derecho a la búsqueda de la verdad, sin restricciones; y, el gobierno y gestión de sí mismas, en consonancia con los principios de alternancia, transparencia y los derechos políticos; y la producción de ciencia, tecnología, cultura y arte.
Sus recintos, afirma el Art. 354 de la Constitución, son inviolables, no podrán ser allanados sino en los casos y términos en que pueda serlo el domicilio de una persona. La garantía del orden interno será competencia y responsabilidad de sus autoridades. Cuando se necesite el resguardo de la fuerza pública, la máxima autoridad de la entidad solicitará la asistencia pertinente.
La autonomía no exime a las instituciones del sistema de ser fiscalizadas, de la responsabilidad social, rendición de cuentas y participación en la panificación nacional.
La Función Ejecutiva no podrá privar de sus rentas o asignaciones presupuestarias, o retardar la transferencia a ninguna institución del sistema, ni clausurarlas o reorganizarlas de forma total o parcial.