El Instituto Otavaleño de Antropología, patrono y referente investigativo de la Universidad de Otavalo tiene entre su patrimonio un fondo histórico de la temprana época colonial y republicana hasta el siglo XX. Este archivo ha sido trabajado por investigadores de renombre interesados en conocer el pasado histórico del antiguo corregimiento de Otavalo, y es una fuente importante para el desarrollo de investigaciones históricas y etnohistóricas. Actualmente el fondo cuenta con un catálogo de aproximadamente 6.000 registros con sus respectivos archivos y folios que van desde 1584 hasta inicios del siglo pasado.

En el Instituto Otavaleño de Antropología siempre estuvo latente, lo que se llamaría ‘espíritu universitario’. La Universidad de Otavalo comenzó a tomar cuerpo a partir de 1996, y fue concebida, ante todo, como un centro de investigadores. Finalmente la  Universidad fue aprobada mediante la Ley Nº 2002-96, publicada en el Registro Oficial Nº 731 de 24-12-02,  Su Estatuto fue aprobado por el Consejo Nacional de Educación  Superior  (CONESUP) con resolución  Nº RCPSS10-227-04 de  20-05-04.

Hoy, la Universidad de Otavalo es una Universidad acreditada, solvente y con con mucho prestigio.

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