Una característica distintiva de Yachay Tech es su estructura académica, la cual combina las ciencias con las ingenierías en cada escuela con el objetivo de educar en ciencias básicas y en especializaciones tecnológicas para que los estudiantes posean una amplia formación científica y estén capacitados para crear nuevos productos.

Yachay Tech cuenta con seis escuelas:

1.- Escuela de Ciencias de la Vida y Biotecnología
2.- Escuela de Ciencias Químicas e Ingeniería
3.- Escuela de Ciencias Geológicas e Ingeniería
4.- Escuela de Ciencias Físicas e Ingeniería
5.- Escuela de Ciencias Matemáticas y Tecnología Informática
6.- Escuela de Ciencias Sociales e Innovación

Yachay Tech también cuenta con doce departamentos en las áreas de biología, química, física, matemáticas, geología y ciencias sociales. La filosofía detrás de la elección y estructura de las unidades académicas se ha originado considerando las áreas aplicadas relacionadas a las necesidades de las industrias estratégicas del Ecuador, recursos disponibles y planes para desarrollar tales recursos.

Las nueve carreras que ofrece Yachay Tech tienen una duración de diez semestres académicos y han sido aprobadas por el Consejo de Educación Superior de Ecuador-CES-.

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