Su misión es ejercer la rectoría de la Política Pública de Ciencia, Tecnología, Innovación y Saberes Ancestrales, coordinando y articulando las acciones entre el sector académico y de investigación con el sector productivo público y privado. El Subsecretario es Héctor Rodríguez.

La Sala de Prensa de la SENESCYT dio a conocer que son atribuciones y responsabilidades de esta Subsecretaría:

1. Recomendar para su correspondiente aprobación al Secretario/a Nacional de Educación Superior, Ciencia, Tecnología e Innovación la Política Pública de Ciencia, Tecnología, Innovación y Saberes Ancestrales, las estrategias y mecanismos para la implementación de las mismas;
2. Aprobar los Planes Nacionales de de Investigación, Innovación y Transferencia de Tecnología, Fortalecimiento del Talento Humano y Becas y Saberes Ancestrales
3. Cumplir y hacer cumplir el ordenamiento legal vigente;
4. Cumplir con las delegaciones, responsabilidades asignadas por el Secretario/a Nacional de Educación Superior, Ciencia, Tecnología e Innovación;
5. Suscribir los documentos administrativos, financieros y técnicos que se requieran para el cumplimiento de los objetivos institucionales, en el ámbito de su competencia;
6. Administrar y controlar las actividades y personal de las Unidades Administrativas a su cargo;
7. Aprobar el Plan Operativo Anual (POA) dentro del ámbito de su competencia;
8. Supervisar el Plan Operativo Anual (POA) de las Unidades Administrativas a su cargo;
9. Coordinar con entidades públicas y privada el desarrollo de las actividades relacionadas al Sistema de Ciencia, Tecnología, Innovación y Saberes Ancestrales;
10. Realizar las demás actividades que le asigne la autoridad competente

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