Según el art. 355 de la Constitucion de la República vigente en el Ecuador, «El Estado reconocerá a las universidades y escuelas politécnicas autonomía académica, administrativa, financiera y orgánica, acorde con los objetivos del régimen
de desarrollo y los principios establecidos en la Constitución.
Se reconoce a las universidades y escuelas politécnicas el derecho a la autonomía, ejercida y comprendida de manera solidaria y responsable. Dicha autonomía garantiza el ejercicio de la libertad académica y el derecho a la búsqueda de la verdad, sin restricciones; el gobierno y gestión de sí mismas, en consonancia con los principios de alternancia, transparencia y los derechos políticos; y la producción de ciencia, tecnología, cultura y arte.
Sus recintos son inviolables, no podrán ser allanados sino en los casos y términos en que pueda serlo el domicilio de una persona. La garantía del orden interno será competencia y responsabilidad de sus autoridades. Cuando se necesite el resguardo de la fuerza pública, la máxima autoridad de la entidad solicitará la asistencia pertinente.
La autonomía no exime a las instituciones del sistema de ser fiscalizadas, de la responsabilidad social, rendición de cuentas y participación en la planificación nacional.
La Función Ejecutiva no podrá privar de sus rentas o asignaciones presupuestarias, o retardar las transferencias a ninguna institución del sistema, ni clausurarlas o reorganizarlas de forma total o parcial.»
Muchos tratadistas expresan que la autonomía no significa extraterritorialidad ni que las leyes y Poderes nacionales no tengan atribuciones al interior del espacio universitario. La universidad no es ni puede ser un Estado dentro del Estado; incluso afirman lo contraproducente de una siuación de ese tipo. El Estado, dentro de las atribuciones que le son propias y legítimas y sin menoscabo de la autonomía universtaria, no tiene limitaciones al interior de las universidades o de otras instituciones de educación superior, pues lo contrario sería aceptar que la universidad está al margen del estado de derecho y que dentro de ella cualquiera puede hacer y deshacer sin atenerse a las leyes y con absoluta impunidad.
La autonomía universitaria es aquella propiedad esencial de los centros más elevados del saber, que les permite a los mismos no ser controlados, dirigidos o interferidos, en la realización de sus actividades académicas, por intereses distintos de la búsqueda objetiva de la verdad, en el caso del investigador, o del interés y motivación intelectuales en el caso del creador artístico-literario. La autonomía universitaria permite que la actividad creadora intelectual, en cualquiera de sus formas,se desarrolle sin limitaciones ni prejuicios, sin interferencia de interses extraños que la distorsionen o mediaticen y sin ningún tipo de temor ante las consecuencias sociales, científicas o políticas que la misma pudiera desencadenar. La autonomía universitaria posibilita el desarrollo de la actividad académica dentro del más amplio clima de libertad, siempre en función del progreso y la transformación positiva de la sociedad, del cultivo de los valores culturales nacionales, del proceso de autodeterminación de los pueblos, del desarrollo integral del ser humano, de la defensa del ambiente y la naturaleza y la cooperación justa y equitativa entre todas las naciones del mundo, tal como lo precisa Luis Fuenmayor Toro en «Hacia la excelencia académica universitaria».
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