La autonomía universitaria, según el experto Luis Fuenmayor Toro, es aquella propiedad esencial de los centros más elevados del saber, que les permite a los mismos no ser controlados, dirigidos o interferidos, en la realización de sus actividades académicas, por intereses distintos de la búsqueda objetiva de la verdad, en el caso del investigador, o del interés y motivación intelectuales en el caso del creador artístico-literario.
La autonomía universitaria -afirma- permite que la actividad creadora intelectual, en cualquiera de sus formas, se desarrolle sin limitaciones ni prejuicios, sin la interferencia de intereses extraños que la distorsionen o mediaticen y sin ningún tipo de temor ante las consecuencias sociales, científicas o políticas que la misma pudiera desencadenar.
La autonomía universitaria posibilita el desarrollo de la actividad académica dentro del más amplio clima de libertad, siempre en función del progreso y la transformación positiva de la sociedad, del cultivo de los valores culturales nacionales, del proceso de autodeterminación de los pueblos, del desarrollo integral del ser humano, de la defensa del ambiente y la naturaleza y la cooperación justa y equitativa entre todas las naciones del mundo.
Las instituciones de educación superior podrán, según el desarrollo académico alcanzado, su madurez institucional, la capacidad demostrada en la planificación y ejecución de sus programas, la eficiencia y racionalidad en la administración de su patrimonio y de los recursos asignados y el grado efectivo de autocontrol demostrado, obtener su autonomía o profundizar la alcanzada, con las solas limitaciones que determine la Ley Orgánica de Educación Superior y las leyes especiales del sector, que en general la debe regular según las características particulares de las actividades realizadas en cada uno de los tipos de instituciones integrantes del Sistema Nacional de Educación Superior y la madurez institucional alcanzada.
El art. 355 de la Constitución de la República, entre otros principios, establece que el Estado reconocerá a las universidades y escuelas politécnicas autonomía académica, administrativa, financiera y orgánica, acorde con los objetivos del régimen de desarrollo y los principios establecidos en la Constitución.
Se reconoce a las universidades y escuelas politécnicas el derecho a la autonomía, ejercida y comprendida de manera solidaria y responsable. Dicha autonomía garantiza el ejercicio de la libertad académica y el derecho a la búsqueda de la verdad, sin restricciones; el gobierno y gestión de sí mismas, en consonancia con los principios de alternancia, transparencia y los derechos políticos; y la producción de ciencia, tecnología, cultura y arte.
La autonomía no exime a las instituciones del sistema de ser fiscalizadas, de la responsabilidad social, rendición de cuentas y participación en la planificación nacional.
Luis Fuenmayor Toro afirma, que «autonomía universitaria no significa extraterritorialidad ni que las leyes y Poderes Nacionales no tengan atribuciones al interior del espacio universitario. La universidad no es ni puede ser un Estado dentro del Estado; hemos incluso afirmado lo contraproducente de una situación de ese tipo. El Estado, dentro de las atribuciones que les son propias y legítimas y sin menoscabo de la autonomía universitaria, no tiene limitaciones al interior de las universidades o de otras instituciones de educación superior, pues lo contrario sería aceptar que la universidad está al margen del estado de derecho y que dentro de ella cualquiera puede hacer y deshacer sin atenerse a las leyes y con absoluta impunidad».
En el Ecuador, hay quienes piensan que la «autonomía responsable» es, en el mejor de los casos, una autonomía mutilada o incompleta. Es justificatoria de la sujeción de la educación superior al gobierno. Nada tiene que ver con la «autonomía solidaria» que se ha planteado para destacar la necesidad de que las instituciones superiores dialoguen con los gobiernos y sirvan a las sociedades en que estén enraizadas.
Miguel Ángel Aguayo López reflexiona acerca de la autonomía universitaria, y plantea que la habilidad de resistir la intromisión de grupos políticos o intereses de facciones, frente a la oportunidad y obligación de mantener la operación de la universidad son esenciales para la integridad de la institución y de su autonomía.
El doctor Axel Dudriksson, al hablar de «La universidad pública latinoamericana desde su autonomía» enfatiza que son las universidades las que tienen que definir un rumbo nuevo para el país con la integración desde la educación, la ciencia y la cultura.
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