Creada por decreto legislativo del 15 de octubre de 1867 bajo la presidencia de Jerónimo Carrión y Palacio, la Universidad de Cuenca se denominó inicialmente Corporación Universitaria del Azuay. Inició sus actividades Académicas con las facultades de Jurisprudencia, de Medicina y Farmacia, de Filosofía y Literatura y de Teología. Su primer rector fue el abogado y político ecuatoriano Benigno Malo, eximio estadista.
En 1868 se crearon las cátedras de Química Industrial, Botánica, Zoología, Geología, Ingeniería, Litografía y Grabado, bajo la conducción de profesores alemanes. A raíz de esto, se creó en 1890 la Facultad de Ciencias. En 1897, después de la Revolución Liberal, se reconoció a la entonces Corporación Universitaria del Azuay como Universidad del Azuay.
En 1919 se creó la primera representación estudiantil en la universidad. Siete años más tarde, en el rectorado de José Peralta, uno de los más grandes e ilustres pensadores liberales del país, se la renombra definitivamente como Universidad de Cuenca, cuna del libre pensamiento.
En 1935 se creó la Escuela Superior de Minas y cuatro años más tarde, la Facultad de Ciencias Matemáticas y Físicas con la Escuela de Ingeniería Civil.
Bajo el rectorado de Carlos Cueva Tamariz se fundó en 1952 la Facultad de Filosofía, Letras y Ciencias de la Educación, seguida un año más tarde por la Escuela de Química Industrial, actualmente Escuela de Ingeniería Química.
En 1958 Cueva fundó la Escuela de Arquitectura y Urbanismo y tres años más tarde la Escuela de Ciencias Económicas. Carlos Cueva Tamariz se jubiló en 1966 dejando una universidad moderna y renovada. Dos años después de su jubilación se fundó la Escuela de Enfermería y de Trabajo Social.
Carlos Cueva Tamariz fue nombrado Rector Vitalicio de la institución, la cual le rindió tributo con una publicación por los cien años de su natalicio. Cueva también fue nombrado, como Gerardo Cordero y León, Rector Honorario.
En 1970 el Presidente de la Républica, José María Velasco Ibarra clausuró todas las universidades estatales hasta 1971.
Tras la reapertura, la Universidad creó las escuelas de Administración de Empresas en 1971, de Ingeniería Eléctrica el año siguiente, de Sociología en 1975 y las de Tecnología Médica, Ingeniería Agronómica y Medicina Veterinaria en 1979.
En la década de los 80 se abrieron las escuelas de Contabilidad Superior, Educación Física y Artes Visuales.
La Universidad de Cuenca posee un Centro de Postgrado que organiza las políticas académicas de cuarto nivel, y un Departamento de Desarrollo Informático a cargo de capacitación y aplicaciones en tecnologías de la información.
En el aspecto cultural y de difusión, edita un promedio de 70 a 80 publicaciones anuales bajo la coordinación del Departamento de Información y Cultura. A fin de reforzar el cultivo de las artes, la Universidad cuenta con una Orquesta de Cámara, un Grupo Polifónico, un Grupo de Danza y un Departamento de Cine y Teatro.
Las instituciones como los seres humanos, tienen un cuerpo esa realidad visible de construcciones y edificios, podríamos agregar que tienen un alma, tienen una historia, una identidad, son parte de un conglomerado mayor que es la ciudad, se influencian mutuamente.
La universidad y la ciudad tienen una historia de afectos, de sueños, han crecido influenciadas la una en la otra, seguramente muchos de los cambios que se han dado en la ciudad y la región del Austro tienen que ver en el posicionamiento y el liderazgo que ha tenido la Universidad de Cuenca.
A finales del siglo XIX, cuando se crea la Universidad; Cuenca, como la mayoría de las ciudades ecuatorianas debía ser una ciudad pequeña, posiblemente conservadora, los profesionales universitarios adquirían sus títulos, asistiendo a otras ciudades, como Quito en nuestro país, o en ciudades europeas, de las cuales se trajo un pensamiento diferente y los principios del pensamiento liberal, como: la libertad, igualdad y fraternidad, que tuvo influjo en una elite intelectual de la época.
Diferentes maneras de ver el mundo influencian también en la ciudad, nuevo paradigma temporal, se inventan nuevas formas de vida urbana para crear su ciudad, en calidad de acontecimiento estético, que se puede apreciar en las construcciones cuencanas del siglo XX.
Ahora asistimos a un hecho inédito, lo urbano se toma el mundo, y nuevas formas de comunicación se hacen, presentes. Encontramos a nuevos actores y actoras sociales, que van incorporándose a una sociedad pluralista, con ideales nuevos, existen líderes y liderezas que buscan nuevas utopías, como sueños realizables.
Estos acontecimientos influencian el vivir universitario. La Universidad de Cuenca ha llegado al siglo XXI, consolidando prestigio, modernización, respeto y alta calidad académica. Hoy es una de las mejores universidades del Ecuador y de Categoría «A» ranqueada entre las 500 mejores de América Latina.
La Universidad de Cuenca tiene la profunda vocación de retribuir a la sociedad, todo el caudal del conocimiento generado en las aulas, además, como forma de dar solución a los problemas más complejos y sensibles de la comunidad, poniendo en juego la creatividad y la complicidad de Docentes, Investigadores y Estudiantes, que son la triada decisiva para alcanzar los intereses más caros de la Institución.
La Universidad de Cuenca es un territorio de paz y de armonía, en el que se practica y precautela un profundo respeto a los derechos de todos, a la voz que difiere, y a la palabra que con buena voluntad interpela y persuade. La Universidad de Cuenca, como ningún otro espacio, propicia el pensamiento, la creación y la renovación. Esto se expresa, fehacientemente, en la cotidianeidad de aulas, laboratorios, salas de estudio y bibliotecas; en el número de profesionales graduados que se incorporan a servir a la sociedad desde su ámbito de conocimiento; en las publicaciones que incluyen posturas científicas y reflexiones que exaltan el humanismo; en eventos académicos y culturales que privilegian el intercambio de ideas diferentes; en la renovación de energías que ya es un ritual grato e indispensable al inicio de cada ciclo
» Hoy, la Universidad de Cuenca tiene el derecho de mirarse a sí misma y confirmar su transformación. Todos somos la U. de Cuenca. La U de Cuenca es grande, tan grande como nuestros sueños», destaca Pablo Vanegas Peralta, RECTOR de la mejor institución del Austro.
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